Hallo, ich hatte das gleiche Problem bei meinem SingleCab.
Nach langem Suchen konnte ich den Wassereintritt (völlig unerwartet) im Bereich der 3. BREMSLEUCHTE lokalisieren.
Hattest/Hast du zufällig ein Hardtop aufgebaut?
Zum Beispiel beim Ranger Hardtop (mit Stromversorgung für Innenlicht / 3.Bremslicht/ Funkempfänger der Heckklappenentriegelung) wird üblicherweise die original 3.Bremsleuchte des Fahrzeugs durch ein mit dem Hardtop mitgeliefertes Formteil aus Blech (wg. Der der Kabeldurchführung) ersetzt.
Bei länger anstehender Staunässe zwischen Karosserie und Unterseite des Bodenbelags entsteht der von dir beschriebene Geruch. Nach meiner Erfahrung wird der Geruch auch nach erfolgter Abdichtung des Lecks und Trockenlegung weiter latent wahrnehmbar sein.
Zum Abschluss noch folgende info:
Der original (Gummi) Boden im Basismodel I'm Bereich des Fussraums unter denbeiden Frontsitzen kostet als ET leider stolze 650 € exklusive Arbeiskosten für den Austausch... beim 4-türer käme noch ein 2. Formteil für hinten hinzu.